骨组织及牙齿组织富含有钙质非常坚硬不易制成超薄切片，如需要观察骨组织骨细胞的超微结构需要先行EDTA脱钙（不建议强酸快脱，对细胞超微结构破坏较为严重）。如果组织块过大脱钙时间过长对细胞超微结构也有较大影响。所以在脱钙前需用专门的切骨机将组织分切（GP2045）成2-3mm厚的薄骨块再进行脱钙，尽量缩短脱钙时间，减少对细胞超微结构的影响。

透射电镜观察细胞的超微结构，对组织固定取材的要求较高（详见透射电镜送样单上样本准备方法及要求），因骨组织需要经过脱钙处理对细胞超微结构或多或少会有一些影响，且低倍镜下可能会存在刀痕。

带有金属的组织无法进行超薄切片，如需观察金属植体周围骨组织细胞的超微结构，需要在固定前将金属植体取出，否则无法进行实验。